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新品上市丨CUT&Tag革命性新武器,菲沙已为您配备

发布时间:2019-8-6 17:04:51阅读次数: .html 次分享到:

        一直以来,ChIP-seq是研究组蛋白修饰和转录因子在基因组上结合位置的有效技术手段,然而,由于其通常需要百万级别的细胞量,且需要经过甲醛交联、超声物理性打断等步骤,使得实验过程较复杂,数据背景噪音高且可重复性较差,限制了数据结果的准确性和稀少样品的可应用性。很多科研人员会为自己的样品做不了ChIP-seq或者即使做了但数据质量不好而沮丧!!!


        但是2019年的夏天注定不平凡,因为好玩的现金棋牌将为您提供更加先进、简便、可靠的CUT系列技术——可以取代传统ChIP-seq的革命性新技术。


CUT系列技术的前世今生

        ——2017年1月,来自美国Fred Hutchinson癌症研究中心的Steven Henikoff团队,使用微球菌核酸酶(micrococcal nuclease)MNase进行染色质切割替代ChIP-seq中的超声打断,开发了CUT&RUN技术,文章发表在Elife [1]。

        ——2018年4月,Steven Henikoff团队对之前的CUT&RUN稍加改进,使用digitonin对细胞膜进行“打孔”从而可以无需提前分离细胞核,并将CUT&RUN的详细实验步骤发表在Nature protocols [2]。之后,他们继续对CUT&RUN进行改进,包括使用融合的Protein A与G可以增加与抗体结合的通用性,文章于2019年6月发表在Elife [3]。

        ——2019年4月,Steven Henikoff团队为了简化文库构建过程,使用带有接头的Tn5转座酶替代MNase,从而使得回收后的DNA就已经带有测序接头,开发了CUT&Tag技术,文章发表在Nature Communication [4]。


        这一系列CUT技术极大的简化了ChIP-seq的流程,能够获得分辨率更高、背景噪声更低、可重复性更好的结果。接下来一起看看染色质到底是如何被“RUN”和“Tag”的。


干货中的干货CUT&RUN实操



CUT&RUN(Cleavage under targets and release using nuclease)


        CUT&RUN实验主要步骤如下:

        (1)利用连有刀豆蛋白A的磁珠(concanavalin A-coated magnetic beads)结合细胞(刀豆蛋白A能与细胞膜上的糖蛋白结合);

        (2)使用非离子去污剂洋地黄皂苷(digitonin)使细胞膜通透,加入靶蛋白的抗体进行孵育(抗体能够通过细胞膜、核孔进入细胞核与靶蛋白结合,可加入二抗增强靶向结合能力);

        (3)加入Protein A-MNase(pA-MN)进行孵育(Protein A来自金黄色葡萄球菌的表面蛋白,可与抗体的Fc区(恒定区)特异性结合,也可换为pG-MN,还可换为pAG-MN);

        (4)通过Protein A和抗体的结合将MNase带到靶蛋白附近,通过添加Ca2+启动MNase消化靶蛋白附近的序列,使靶蛋白和其结合的DNA序列从染色质上脱离下来并游离到细胞外;

        (5)此时细胞仍被磁珠吸附,且处于未被破坏的相对完整状态,回收上清中的DNA进行二代建库即可用于高通量测序。


CUT&RUN实验主要步骤流程图[2]


        由于未对细胞核和染色质进行物理性的破坏,整个操作过程相当“温和”,因此CUT&RUN得到的背景噪音数据非常少,测序量相比ChIP-seq大幅减少,却可以得到比ChIP-seq更好的结果。此外,对起始细胞量的要求也大幅减少,针对组蛋白,可低至100个细胞;针对转录因子,可低至1000个细胞,而数据质量都很好且不同细胞起始量的结果也较稳定。简直堪称科研界的“神技”。



不同细胞量(100~6000 cells)的CUT&RUN结果与ENCODE的对比(human K562 H3K27me3)[2]



CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagmentation)


        由于CUT&RUN中使用的是MNase进行的酶切,回收DNA后需要添加接头构建二代文库,为了简化文库构建过程,将本身带有接头的Tn5转座酶取代MNase,即可更方便的完成文库构建,其它操作条件基本不变(Tn5转座酶由Mg2+激活),这种方法即为CUT&Tag。



CUT&Tag实验主要步骤流程图[4]


        CUT&Tag的数据背景噪音更小,与CUT&RUN相比,结果有很好的重现性,而且其所需的测序量可进一步减少。此外,还可使用微孔芯片和添加组合barcode等,进一步扩展进行单细胞CUT&Tag分析。


CUT&Tag、CUT&RUN的peaks鉴定结果与ChIP-seq的对比(human K562 H3K27me3)[4]


菲沙卓越服务

        好玩的现金棋牌已成功推出CUT&RUN和CUT&Tag新产品,并与已有的Hi-C、ATAC-seq组学技术以及3C、4C、FISH验证技术相结合,形成了全新的全套三维基因组学技术服务组合:

[Hi-C + ATAC-seq + CUT&Tag(RUN)+ RNA-seq ]+[ 3C/4C + FISH]


ChIP-seq、CUT&RUN、CUT&Tag产品比较


不一样的夏天,不一样的CUT&Tag——菲沙新品酬宾火热进行中

        活动1:

        凡进行Hi-C+ATAC-seq+RNA-seq老牌互作组合产品,签单金额每10万赠送一次CUT&Tag建库测序及分析(赠送次数不超过4次);

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        同时签订6次以上(包含6次)CUT&Tag建库测序及分析(1种蛋白进行2次重复,算作2次),整体价格享7折优惠。


        以上优惠活动1与2不同享,活动期限截止至2019年10月31日。活动解释权最终归武汉好玩的现金棋牌信息有限公司所有。产品预定可联系好玩的现金棋牌区域销售经理,欲购从速哦~



        参考文献:

        [1]Skene PJ and Henikoff S. An efficient targeted nuclease strategy for high-resolution mapping of DNA binding sites. Elife, 2017.

        [2]Skene PJ, et al. Targeted in situ genome-wide profiling with high efficiency for low cell numbers. Nature Protocols, 2018.

        [3]Meers MP, et al. Improved CUT&RUN chromatin profiling tools. Elife, 2019.

        [4]Kaya-Okur HS, et al. CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells. Nature Communication, 2019.


        配图来源于网络/侵删





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