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市场动态MARKET DYNAMICS

微生物研究的精准利器-全长扩增子

发布时间:2019-7-17 9:34:40阅读次数: .html 次分享到:

        16S rDNA基因长度约为1.5kb,包含保守区和高变区,保守区在菌种间差异不大,可反映物种间的亲缘关系,高变区具有种属特异性,根据物种亲缘关系不同而有一定的差异,因此16S rDNA已经广泛应用于菌种鉴定和系统发生学研究。

        传统扩增子测序仅针对单个或连续的两到三个可变区进行分析,而基于三代测序平台PacBio的全长16S 扩增子测序可获取16S rDNA全长序列,突破了二代测序读长较短的局限性,提高了菌株在种水平的分辨能力。全长扩增子测序能够获得全部变异区域序列信息,不仅能提高物种鉴定的分辨率^1,还能提高样本中微生物组成鉴定的精确性和全面性^2,从而更加真实的还原样本中微生物群落结构。

01 送样要求

类型

要求

土壤、淤泥、沉积物

≥10g

粪便

≥5g

组织样本

≥3g

发酵液、瘤胃液

5ml左右(离心有明显沉淀)

水体、其它液体

滤膜3张(直径3-4cm)

拭子

5个以上



        DNA:浓度≥10 ng/uL,总量≥200 ng,DNA要有明显主带,无降解,无RNA、蛋白质等杂质污染

        PCR产物:浓度≥50 ng/uL,总量≥600 ng,确保条带单一,无降解,无引物二聚体


02 测序策略


测序平台

数据量

PacBio Sequel

≥5000条CCS


03 生物信息分析流程




04 主要结果展示


        目的:对每个样本/分组进行微生物种类和丰度的注释,可以直观了解微生物的组成和相对丰度,以便分析和探讨在不同样本/分组间优势菌群的差异。


        多样性分析




        目的:图3反映测序数据量的合理性并间接反映样品中物种的丰富程度。图4可展现样本间/组间的微生物组成差异大小。


        统计分析



        目的:使用统计学方法分析寻找组间差异的物种,筛选出具有代表性的biomaker,作为识别不同类群的生物学标识。


        功能预测



        目的:对样本中的微生物群落进行功能预测,为深入了解群落结构和文章发表锦上添花。


05 应用领域




        好玩的现金棋牌,从样本提取到生信分析,项目经验丰富,全方位提供微生物测序分析服务,为您解决各种生物学问题,满足您多样化的科研需求!


参考文献

        1: Pootakham W, Mhuantong W, Yoocha T, et al. High resolution profiling of coral-associated bacterial communities using full-length 16S rRNA sequence data from PacBio SMRT sequencing system[J]. Scientific Reports, 2017, 7(1):2774.

        2: Singer, E., Bushnell, B., Coleman-Derr, D., Bowman, B., Bowers, R.M., Levy, A., Gies, E.A., Cheng, J.-F., Copeland, A., Klenk, H.-P., et al. (2016). High-resolution phylogenetic microbial community profiling. ISME J 10, 2020-2032.



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