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市场动态MARKET DYNAMICS

全球首批Sequel II登陆菲沙,与您共同见证高通量长片段测序的魔力

发布时间:2019-4-23 9:28:55阅读次数: .html 次分享到:

       近日,好玩的现金棋牌与美国Pacific Biosciences公司签署合作协议,引入最新PacBio Sequel II测序平台,在武汉光谷生物城、嘉兴上海人才创业园和广州萝岗科学城建立区域一站式测序服务中心,立足三地覆盖全国。作为全球首批用户之一,好玩的现金棋牌PacBio Sequel II测序平台将于6月1日正式开机运营。



Sequel II首发仪式


PacBio Sequel II的优势

(1)产量提升8倍

        Sequel II平台应用PacBio稳定的SMRT测序技术,通过升级光学系统和测序芯片(ZMW孔数由100万升至800万个)提升整体测序通量,单芯片序列平均产量75Gb(PacBio官方数据),是前一代平台的8倍。

(2)2种模式灵活选择

        Sequel II平台提供CLR library和HiFi library两种测序模式。其中CLR library的运行时间为10小时,可为客户提供超过75Gb的长片段数据;HiFi library采用CCS方式获取数据,单次运行时间增加到30小时,大幅提升长片段序列的单碱基准确性。

(3)产品应用更具性价比

        Sequel II平台从测序通量到测序质量进行全方位提升,旨在下降三代测序成本,为复杂基因组组装、结构变异检测和全长转录组研究提供更多可能。

表1    平台对比





Sequel II全新8M芯片


PacBio长片段测序的应用方向

(1)复杂基因组组装

        三代测序已经成为基因组组装的必备手段,但由于其成本过高,研究人员对于复杂基因组通常望而却步。Sequel II平台的使用,不仅保持了长片段的优势,而且显著降低了测序成本,可以预期未来将有大量复杂基因组成果问世。

(2)结构变异检测

        Sequel II平台产生的HiFi Reads兼具长和准两大特性,大幅提升长片段序列单碱基准确性的同时,能跨越高重复基因区域,无需二代数据校正即可检测各种类型的变异(SNVs、InDels、SVs、CNVs)。


HiFi Reads准确性


好玩的现金棋牌长片段测序技术的研发优化

      作为中国首家PacBio三代测序认证服务提供商,好玩的现金棋牌自2016年引进PacBio Sequel平台以来,长期专注于三代测序技术的研发和优化。菲沙实测数据表明,针对长片段文库的优化可以明显提升测序读长。


表2    菲沙优化前后实测数据对比



      据PacBio官方统计,好玩的现金棋牌三代测序中心的平均产量和数据质量均处于国内领先水平。结合最新的试剂和特别优化的建库流程,好玩的现金棋牌PacBio测序,动物和植物样本Subread Length N50稳定达到30Kb和25Kb以上。


表3    好玩的现金棋牌长片段文库实测数据展示



长片段测序显著提升组装效果

        PacBio为代表的三代测序技术具有的超长读长、无GC偏好性等特性,能解决高重复区域、高GC区域的组装难题,极大地提升基因组组装质量。



已发表的三代测序组装结果


        根据好玩的现金棋牌的项目经验,更长的片段是获得更高组装质量的关键基础。以某动物样本为例,未经过片段优化时产生的数据Subread N50为14Kb,最终组装的Contig N50为3.23Mb。按菲沙长片段建库方式优化后,Subread N50达到34Kb,Contig N50提升至19Mb。


表4    好玩的现金棋牌长片段Reads组装案例


     心动不如行动,好玩的现金棋牌Sequel II测序即日起开始接受测序预约服务,详情请咨询好玩的现金棋牌当地销售或拨打电话027-87224696。更多优惠活动,敬请期待。





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