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市场动态MARKET DYNAMICS

组学思路大揭秘,那些测了基因组的物种,后来都这样玩?

发布时间:2019-4-19 16:20:19阅读次数: .html 次分享到:

        随着科技的发展,越来越多的基因组信息被揭密。基因组作为每个物种独特的密码,密码被破译,意味着我们获得一把打开该物种独特生物特性的钥匙。挖掘这个宝藏,我们需要的利器——多组学。你想要的,好玩的现金棋牌都可以为你配齐!转录组、全长转录组、群体进化、泛基因组以及GWAS、Hi-C,我们可以为您的物种制定专属的多组学研究方案。


下面我们通过近期的几篇高分文章为您揭开多组学的神秘面纱!

基因组+群体进化+转录组

文章题目:Inter-chromosomal coupling between vision and pigmentation genes during genomic divergence

发表日期:2019.03.04

发表期刊:Nature ecology evolution


主要结论

        本文研究物种为低纹鮨,组装获得基因组大小为612Mb,scaffolds N50为24Mb。低纹鮨是通过强烈的视觉选择来进行交配繁殖,来解释没有物理联系的种群之间的基因交流。利用群体进化分析,确定了四个基因区段,这四个区段包括色素沉着(sox10)、轴向模式(hoxc13a)、光感受器发育(casz1)和视敏性(SWS和LWS视蛋白)相关的基因,这些基因随着物种的分化而形成长距离的染色体间连锁不平衡区域。物种间基因结构的差异促进了基因交流的连锁不平衡。


技术路线




                                                               图一 黑色(H. nigricans)、条纹(H. puella)和条纹(H. uniolor)群体之间的基因组分化模式                                                        图二 候选区段选取


基因组+群体进化+转录组+泛基因组

文章题目:The HuangZaoSi Maize Genome Provides Insights into Genomic Variation and Improvement History of Maize

发表日期:2019.02

发表期刊:Molecular Plant


主要结论

        本研究组装得到了一个玉米-黄早四(HZS)的基因组为2.2Gb,contig N50为78.2 Kb ,scaffold N50为223.9 Mb。通过和已经完成的6个玉米的其他品系B73,PH207,Mo17以及W22和Mexicana进行泛基因组学分析得到,264个HZS特有的基因家族,其中大部分来自串联重复事件。通过对40个不同地理分布的HZS的群体进化分析揭示HILs的育种历史,与产量相关的基因主要富集在HZS的特异的序列。基因组结合转录组发现HZS的特有的基因家族不是均匀分布在基因组中,主要是集中在与功能相关的区域。


技术路线

                                                          图三 HZS的基因家族分析 图四 全基因组筛选和选定区域的功能注释                                                             图四 全基因组筛选和选定区域的功能注释


泛基因组+ GWAS+转录组

文章题目:The genetic architecture of floral traits in the woody plant Prunus mume

发表日期:2018.04

发表期刊:Nature communictions


主要结论

        本研究组装得到了梅花基因组大小为232.82Mb,contig N50为3.2 Kb ,scaffold N50为24.3Mb。同时研究了梅花性状的遗传结构及其驯化历史。通过泛基因组分析得到,梅和其他李属物种的驯化时间为~3.8 MYA,野生和栽培的梅驯化时间为~2.2 MYA,远远高于栽培梅的预想驯化。通过对351份样品进行全基因组测序结合24个性状分析得到,数量性状位点(QTLs)和多个基因(如MYB108)正相关,该区域的基因可以调控花瓣颜色、柱头颜色、花萼颜色和花蕾颜色,结合转录组的分析,发现SEGs这种基因家族影响植物花色。而MYB108在所有三个WYY样品中均有表达,这些样品有红色花,但在任何有白色花的MDL样品中均未表达。


技术路线




                                                                   图五 梅属和李属的进化分析 图六 GWAS分析                                                                                                图六 GWAS分析



        通过以上一些案例的解析,各位老师是否开始针对自己的物种有的新的想法和思路,如果有的话,欢迎各位老师联系小菲,各种组学,您想要的,好玩的现金棋牌都能为您实现。如果没有的话,更欢迎各位老师联系小菲,为您的物种定制专属的多组学研究方案。科研的道路上,好玩的现金棋牌一直与您同行!







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