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市场动态MARKET DYNAMICS

好玩的现金棋牌细菌Hi-C成功的秘密

发布时间:2019-4-10 10:03:57阅读次数: .html 次分享到:

        细菌是地球上数量最多的生物,相对于动植物,细菌的基因组和三维结构均比较简单,有的细菌基因组大小只有几百kb。然而,细菌也自有一套独特的基因组三维结构,这些细小的原核生物也同样精密的调控着自身基因表达的生命过程。通过Hi-C技术可以研究物种的基因组三维结构及调控基因表达的分子机制,这在动植物中已有较多研究,但在细菌中研究还较少,虽然目前已发表的细菌Hi-C文献尚且不超过十篇,然而相比微生物领域的常见期刊,细菌Hi-C文章的水平却高出很多,以CNS及其子刊居多。


        目前,越来越多研究细菌的老师开始关注Hi-C,好玩的现金棋牌也已承接了多种细菌的Hi-C课题。根据我们的经验,细菌Hi-C实验并不比动植物的简单,因为细菌没有细胞核和核小体结构,基因组以拟核的形成裸露在细胞中,DNA开放区域多,结合在DNA上的蛋白较少,这就使得细菌的基因组三维结构“稳定性”较差,且容易受到内源酶和外界因素的破坏和降解。如何使得基因组结构保持稳定且不被降解,这是Hi-C实验过程中的关键。我们通过大量的实验探索成功的克服了这些问题,将细菌Hi-C实验技能练就得炉火纯青,为了避免研究细菌基因组三维结构的各位老师们在实验上少走弯路(其实是为了给好玩的现金棋牌打广告),接下来我们将透露一些“秘密”给大家,请笑纳:



01 取样时期

        若所研究的科学问题与细菌的培养时期无关,我们建议样品选取处于指数生长期的细菌,此时细胞活性较高,DNA不易降解。而衰亡期的样品中存在较多衰老的甚至濒临裂解死亡的菌体,在Hi-C实验之前DNA就可能已经降解了。如下图中展示的衰亡期1和2的样品在进行Hi-C建库过程中无法回收到有效的酶切产物和连接产物,处于指数生长期的样品则建库结果正常。


02  实验参数

        实验过程中会用到很多种试剂,一个不起眼的小试剂也可能决定着实验成败。甲醛作为固定细胞三维结构的试剂,起着关键作用,甲醛可以使DNA和蛋白结合产生稳定的DNA-蛋白复合物,从而固定染色体构象,但甲醛的存放不宜过久。我们曾经接收过某位客户自己交联的样品,寄送给我们之后,后续实验我们尝试多次都出现问题,主要表现为酶切后降解严重,后来客户向我们反馈他们使用的甲醛以及甘氨酸存放了多年,我们猜测这可能是问题所在。于是请客户重新使用新配制的甲醛进行交联,后续酶切连接过程则非常顺利了(此外,细菌甲醛交联的条件不同于动植物,这个“秘密”暂时不告诉大家)。


DNA降解的样品


新试剂处理后的成功样品

        从上图可以看出,使用新配制的甲醛交联后重新进行实验,酶切连接的降解问题得到了解决,酶切条带与解交联的gDNA条带相比明显下移,连接条带较酶切条带明显上移,堪称一个完美的Hi-C建库电泳质控图。


03 数据质控

        Hi-C实验的质量是数据分析的基础,好的实验结果代表着好的分析结果,实验结果不仅仅体现在电泳质控胶图上(交联、酶切、连接效果均良好),更体现在数据分析的质控结果上。我们曾经遇到过一些“难啃的骨头”,某些“奇葩细菌”的Hi-C文库质控结果不好的时候,从数据分析的互作heatmap上就可以很直观的看出来,如下图所示对角线部分看不到明显的互作富集,全基因组背景噪音严重,反映出基因组DNA降解和酶切片段的随机连接,这样的结果是不可用的。


不合格的细菌互作图谱


        然而,困难挡不住我们前进的步伐,经过缜密排查原因和思考解决办法,我们最终优化了实验条件,成功的啃掉了“硬骨头”,构建出了合格的细菌Hi-C文库,将一幅漂亮的互作heatmap图交付给客户。合格的互作图谱有如下特征:第一,对角线区域互作较强,且有的能看出较明显的CID结构;第二,背景噪音很少;第三,由于细菌基因组大多数都是环状的,因此反对角线两端会有明显的互作。


合格的细菌互作图谱

        好玩的现金棋牌致力于提供高质量的三维基因组Hi-C等技术,目前已完成近百个物种的基因组三维结构解析,包括条件致病菌、活性代谢产物生产菌、极端抗逆菌、发酵菌等多种原核细菌的Hi-C。我们期待着能够揭晓更多的细菌基因组三维结构,研究其与特殊性状之间的关系,使人们能够更加深入的理解三维结构与基因表达的调控关系,以期解决当前细菌耐药性、致病菌的易传播性、逆境下的高存活性、次级代谢产物积累的负反馈调节性等问题。

        好玩的现金棋牌承接“千奇万异”的细菌Hi-C样品,助力您快速深入的解决科学问题,来者不拒!


配图来源于网络/侵删






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