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ATAC-seq技术简介


    ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with High Throughput Sequencing)是使用高通量测序对Tn5转座酶可接近性核染色质区域进行测序分析的一种表观遗传学研究技术,该技术由美国斯坦福大学的研究人员开发,2013年首次发表在Nature Methods(Buenrostro et al., 2013)。通过转座酶对特定时空下开放的核染色质区域进行切割,获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。再对这些序列进行聚类,通过motif分析,挖掘这些开放位点的潜在结合转录因子,结合基因表达水平数据,发现关键的调控转录因子。


ATAC-seq技术的主要实验流程



① 收集细胞或组织,制备细胞悬液;


② 裂解细胞后,加入Tn5转座酶,对处于开放状态的DNA进行酶切;


③ 回收酶切下来的DNA片段,进行二代建库测序。


    核小体连接致密的地方,Tn5转座酶不能进入,而松散的开放区域,转座酶能够进入切割下裸露的DNA,并同时连接上特异的adapters。分离纯化出连接上adapters的DNA片段,用于二代测序。因此,通过ATAC-seq得到的是全基因组上处于开放状态的染色质区域。


ATAC-seq技术的主要应用


① 获得在特定时空下基因组中所有处于开放状态的序列,分析调控元件。


② 分析染色质开放区域的motif,获得潜在的与其结合的转录因子等调控蛋白。
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